一、账套数：
多机构管理是一个账套中建立组织架构；多公司管理是多个并列的账套，各自启用自己的模块，独立操作
二、科目控制：
多机构管理中科目统一下发。可以控制到级次；多公司管理中子公司如果有科目的权限，就可以自行增加。如果没有科目的权限，总部的人员要一个账套、一个账套地维护
三、单据协同：
多机构管理可以实现总部和子机构的进销单据协同；多公司管理不能实现单据协同
四、数据查询：
多机构管理包含财务多机构、批发多机构、零售多机构。相应的总部可以查询子机构的财务数据、进销存数据、零售数据；多公司管理只能看汇总的财务账簿和汇总的报表
五、合并报表：
多机构管理通过合并报表的模块，实现合并报表；多公司管理通过第三方isv的合并报表，实现合并报表
